Vymezování územního systému ekologické stability v územních plánech není z právního hlediska vůbec jednoduchá disciplína, zejména pak ne v kontextu nejnovější judikatury Nejvyššího správního soudu. Ten totiž naznačil, že územní plán musí vycházet z plánu ÚSES, jinak nemůže lokální biokoridory a biocentra vymezit.
Nejvyšší správní soud se vyjadřoval k tomu, jakým způsobem musí být v připomínce (dříve v námitce) označeny pozemky, kterých se připomínka týká. Vedle toho se soudci zabývali i námitkami proti systému ekologické stability, které podle pořizovatele byly příliš obecné, takže se jimi v podstatě nezabýval.
NSS se zabýval tím (při přezkumu zásad územního rozvoje), zda je nutno zpracovat plán systému ekologické stability jakožto podklad pro vymezení ÚSES v územně plánovací dokumentaci.
Nejedna obec se potýká s tím, jak při územním plánování vhodně vymezit v územním plánu jednotlivé prvky územních systémů ekologické stability, aniž by nepřiměřeně zasáhla do práv vlastníků a nedočkala se tak leda zrušení části územního plánu soudem. Je to vskutku nelehký úkol a základní doporučení zní tak jako jindy: hlavně všechno pořádně a pravdivě odůvodnit. Nápomocný může být jistě i nejnovější rozsudek Nejvyššího správního soudu, který řešil územní plán obce Chocerady. V něm byla vymezena plocha lokálního biocentra a ta současně byla veřejně prospěšným opatřením. S tím nesouhlasili vlastníci předmětných pozemků, prvek ÚSES přitom na jejich pozemcích byl vymezený i podle předchozího územního plánu.